Дэвид Димер: «Жизнь зародилась в горячих источниках, а не в океане»

Event Horizon 78,6 тыс. 1 ч 19 мин 11 мин 24.02.2023
Главное

Как зародилась жизнь на Земле четыре миллиарда лет назад — одна из величайших загадок современной науки. В интервью для научно-популярного канала Event Horizon футуролог Джон Майкл Годье обсуждает механизмы абиогенеза с известным биофизиком, профессором Каливерситета в Санта-Круз Дэвидом Димером. Исследователь объясняет, почему жизнь не могла зародиться в соленом океане, как вулканические геотермальные источники работают в качестве химических насосов и почему будущие марсианские миссии должны искать не ДНК, а «полианионы».

☄️ Космические курьеры органики 2:29

Джон Майкл Годье отмечает, что падение метеорита Мерчисон (Murchison) в Австралии в 1969 году наглядно продемонстрировало ученым: органическая химия повсеместно распространена в Солнечной системе. Профессор Дэвид Димер показывает в студии ампулу с веществом, экстрагированным из другого известного углистого хондрита — Мюррей (Murray), который упал в том же году и, возможно, откололся от того же родительского астероида.

По словам Димера, этот внеземной экстракт имеет характерный пыльный и слегка кислый аромат. Запах пыли обусловлен полициклическими ароматическими углеводородами (ПАУ) — теми же соединениями, что содержатся в дизельном выхлопе или сигаретном дыму. В составе метеорита около 90% органического углерода находится в форме сложного полимера — керогена. Однако оставшиеся 10% представлены монокарбоновыми кислотами, которые по своей химической структуре являются мылами.

В 1985 году Дэвид Димер провел знаковый эксперимент: он смешал этот метеоритный экстракт с водой и исследовал образец под микроскопом. К удивлению исследователя, органические компоненты самостоятельно собрались в красивые замкнутые мембранные везикулы. Это доказало, что базовые строительные блоки для клеточных оболочек могли регулярно поставляться на раннюю Землю из космоса.

Димер приводит следующую статистику космического притока углеродных соединений:

🌋 Камчатский эксперимент и «горячая лужа» Дарвина 6:44

Дэвид Димер активно призывает коллег-химиков выйти из стерильных лабораторий и тестировать гипотезы в реальных условиях вулканических гидротермальных полей. Вода в таких источниках является пресной, так как она испаряется из океана, выпадает в виде дождей или снега на склонах вулканов и нагревается подземной магмой.

В 2004 году Димер провел натурный эксперимент на вулкане Мутновский на Камчатке. Он добавил сухую «пребиотическую смесь» в небольшую кипящую лужу объемом около 10 литров. В состав этой смеси входили:

Результаты эксперимента показали, что местная глина на дне лужи абсорбировала практически все добавленные компоненты, кроме миристиновой кислоты. Последняя по мере испарения воды образовала четкий белый налет по краям водоема.

Этот опыт укрепил Димера в выводе, что жизнь зародилась не в глубоком океане, а в небольших наземных водоемах. Ученый напоминает, что еще в 1871 году Чарльз Дарвин проницательно предположил в письме своему другу Джозефу Гукеру, что жизнь могла начаться в «небольшом теплом пруду».

Димер выделяет два ключевых преимущества вулканических луж перед океаническими гидротермальными источниками:

  1. Концентрация за счет высыхания. Наземные источники проходят через регулярные циклы увлажнения и высыхания (wet-dry cycles). При испарении воды растворенные органические вещества концентрируются в виде тончайшей пленки, что критически важно для протекания сложных полимерных реакций. На дне океана, где вода присутствует в избытке, концентрирование химических элементов невозможно.
  2. Тепловая энергия активации. Высокая температура геотермальных источников ускоряет химические взаимодействия. Она дает молекулам необходимую энергию для преодоления барьера активации, без которого химический синтез в холодной среде останавливается.

🌌 Habitable vs. Urable: Новая классификация планет 13:09

Исходя из своей модели, Дэвид Димер выдвигает радикальный тезис для современной астробиологии: он считает implausible (маловероятным) возникновение жизни в подледных океанах ледяных спутников вроде Европы или Энцелада. Ученый предлагает разделять понятия «обитаемости» и «зарождения»:

По мнению Димера, в ранней истории Солнечной системы существовала вторая урабельная планета — Марс. На древнем Марсе присутствовали все необходимые условия: регулярный приток органики с метеоритами, жидкая вода и мощная вулканическая активность (включая гигантский вулкан Олимп размером с Францию). Однако из-за слабой гравитации Марс потерял атмосферу, вода испарилась в космос, и планета навсегда перешла в статус «неурабельной».

Примечательно, что современная Земля, с точки зрения Димера, тоже потеряла урабельность. Ссылаясь на Дарвина, ученый объясняет, что если бы сегодня на планете попытались спонтанно синтезироваться новые пребиотические соединения, они были бы мгновенно поглощены и переработаны существующей колоссальной микробной массой.

🔄 Кинетическая ловушка и геотермальный насос сложности 21:48

Регулярные циклы увлажнения и высыхания работают на поверхности урабельной планеты как метафорический термодинамический насос, заставляя органические молекулы усложняться с каждым раундом. В лабораториях Университета Макмастера ученые используют специальные симуляционные камеры, воссоздающие до 100–200 таких последовательных циклов, что позволяет получать сложные полимерные соединения.

Димер объясняет, что фиксация этой нарастающей сложности происходит благодаря попаданию химической системы в так называемую «кинетическую ловушку» (kinetic trap). Суть этой концепции Димер описывает следующим образом:

«Вся жизнь на Земле существует в кинетической ловушке. Это означает, что мы синтезируем наши сложные полимеры быстрее, чем они успевают разрушаться под воздействием гидролиза».

Когда человек принимает душ, его кожа не растворяется в воде полностью только потому, что клетки эпидермиса заменяются быстрее, чем вода успевает разрушить ткани. На ранней Земле выживали и накапливались те молекулярные комплексы, которые успевали полимеризоваться и свернуться в устойчивые трехмерные структуры до того, как их расщепит гидролиз. Те химические системы, которые не успевали достичь стабильности, подвергались «самоугасанию».

Геологические подтверждения существования древних урабельных условий ученые находят на Красной планете:

🧬 Рождение протоклетки: Жизнь не изобретала ДНК 29:38

Профессор Димер озвучивает фундаментальный вывод своих многолетних исследований: жизнь не изобретала нуклеиновые кислоты, она «открыла» уже существовавшие в пребиотической среде полимеры ДНК и РНК.

В условиях экстремального высыхания в тонких органических пленках запускаются реакции конденсации. Когда гидроксильная группа (-OH) одной молекулы мононуклеотида сближается с кислотной фосфатной группой соседней молекулы, под воздействием тепла выталкивается и испаряется молекула воды. Так спонтанно формируется сложная эфирная связь.

Поскольку ДНК и РНК по своей химической сути являются полиэфирами (polyesters), удерживаемыми связями между сахаром рибозой и фосфатом, циклы высыхания идеально подходят для их абиогенного синтеза. В совместной работе 2022 года с коллегой из Копенгагенского университета Тумасом Ноулзом Димер применил метод атомно-силовой микроскопии (AFM). Ученым удалось напрямую сфотографировать длинные нитевидные и кольцевые полимерные структуры, которые спонтанно образовались из простой смеси мононуклеотидов после нескольких циклов высыхания.

Когда такие случайно синтезированные полимеры нуклеиновых кислот объединяются с мылоподобными жирными кислотами, возникает протоклетка (protocell). Она представляет собой жировую мембрану с замкнутой внутри нее цепочкой нуклеотидов, готовой к первичному отбору. В ходе лабораторных экспериментов Димер создает триллионы таких протоклеток. Каждая из них уникальна и подвергается естественному отбору под давлением факторов окружающей среды.

🧪 Проблема соли и «водный парадокс» 36:08

Наличие солей в Мировом океане выдвигает серьезный аргумент против популярной гипотезы зарождения жизни вблизи глубоководных гидротермальных источников («черных курильщиков»). Димер выделяет три критические проблемы, которые делает морская среда для зарождения жизни:

  1. Осмотический шок. Морская вода является гипертоническим раствором с концентрацией хлорида натрия около 0,5 М (в человеческой крови этот показатель равен всего 0,15 М). В такой соленой среде простейшая мембранная клетка мгновенно сжимается, теряет внутреннюю воду и погибает.
  2. Разрушение мембран катионами. В океанической воде содержится высокая концентрация двухвалентных катионов: кальция (10 мМ) и магния (53 мМ). Они делают воду сверхжесткой. Попробуйте помыть руки с мылом в морской воде — вместо пены образуются жесткие творожистые хлопья. Точно так же магний и кальций разрушают жирные кислоты, делая сборку стабильных липидных мембран в океане невозможной.
  3. Термодинамический барьер. В условиях избытка воды (на дне океана) реакция полимеризации не может идти эффективно, так как невозможно заставить воду отделяться от молекул и испаряться для замыкания эфирных связей.

По словам Димера, его британский коллега Ник Лейн, активно защищающий океаническую модель, в последнее время соглашается, что в глубоководных жерлах мог начаться лишь первичный метаболизм (например, синтез муравьиной кислоты из CO2), но не сборка сложных полимеров. Из этого Димер делает вывод: жизнь возникла в пресных наземных горячих источниках выше уровня моря, после чего реки постепенно смыли первые жизнеспособные организмы в океан, где они адаптировались к соленой среде.

Аналогично Димер оценивает кометы: они богаты углеродом и цианидами, но из-за экстремального холода космоса там отсутствует жидкая вода и энергия активации, что исключает протекание абиогенеза на самих кометах.

🧬 Симметрия жизни: Как возникла гомохиральность 46:49

Земная биология обладает строгим свойством гомохиральности: все сахара в нуклеиновых кислотах имеют исключительно «правую» (D) пространственную ориентацию, а все аминокислоты в белках — «левую» (L).

Дэвид Димер и его коллега, теоретический химик Дэвид Росс из SRI International, предложили изящное объяснение этого феномена, основанное на защите от гидролиза. Руководствуясь принципом фальсифицируемости Карла Поппера, ученые протестировали стабильность различных молекулярных структур.

Выяснилось, что знаменитая двойная спираль ДНК обладает уникальным физическим свойством: она в десятки и сотни раз более устойчива к расщеплению водой (гидролизу), чем одиночная нить ДНК или РНК. Причина проста — объемная закрученная структура спирали пространственно экранирует внутренние сложные эфирные связи от случайных столкновений с молекулами воды.

Однако стабильная, плотно упакованная двойная спираль может сформироваться строго при одном условии: если все сахара в цепи обладают одинаковой хиральностью (например, все являются D-формами). Как показал исследователь Джерри Джойс в 1980-х годах в Институте Солка, если попытаться собрать спираль из рацемической смеси (где перемешаны L- и D-молекулы), структура хаотично искривляется, связи не совпадают и стабильная двойная цепь не образуется.

По мнению Димера и Росса, гомохиральность стала прямым следствием естественного отбора на молекулярном уровне:

🦠 Мир РНК, ультрафиолет и марсианский детектор полианионов 52:11

Классическая гипотеза «Мира РНК», сформулированная Уолтером Гилбертом в 1986 году на основе открытия Томом Чеком и Сидом Альтманом каталитических свойств РНК (рибозимов), по-прежнему находит веские подтверждения. Димер указывает на «молекулярные окаменелости» внутри нас: молекула АТФ является рибонуклеотидом, а Гарри Ноллер в Санта-Круз доказал, что каталитический центр рибосомы состоит из РНК, а не из белков. Тем не менее, Димер разделяет позицию исследователя Раманараянана Кришнамурти, утверждающего, что пребиотический мир изначально мог быть смешанным и содержать параллельно цепочки как РНК, так и ДНК.

Мощным фактором отбора на древней Земле выступало жесткое ультрафиолетовое излучение Солнца. Коротковолновый УФ-свет разрушает генетический материал, вызывая образование тиминовых димеров — губительных поперечных сшивок между соседними основаниями тимина, которые намертво блокируют работу копирующих ферментов. Древнейшим полимерам приходилось эволюционировать под защитой минеральных навесов или в затененных местах.

Димер напоминает, что эволюционные механизмы защиты от высыхания порой дают поразительные побочные эффекты. Так, знаменитая бактерия Deinococcus radiodurans способна выдерживать дозы радиации, в 25 000 раз превышающие смертельный лимит для человека. Радиация разбивает ее ДНК на сотни мелких фрагментов, но микроб мгновенно сшивает их обратно. По словам Димера, этот уникальный щит развился у бактерии не ради защиты от радиации, а в ходе эволюции в условиях жестких циклов высыхания почвы. Многоклеточные тихоходки используют схожий метод, заполняя свои клетки сахаром трегалозой для предотвращения радиационных и ледяных повреждений в вакууме.

Для будущих поисков внеземной жизни на Марсе Дэвид Димер вместе с коллегами из NASA разработал оригинальный концепт прибора-детектора. Ученый предлагает отказаться от идеи искать конкретно земные структуры ДНК или РНК, а сфокусироваться на поиске полианионов (polyanions).

Логика Димера строится на фундаментальном физическом принципе:

Если обнаруженный марсианский полимер окажется гомохиральным, будет использовать D-сахара и тот же триплетный генетический код, ученые смогут с высокой математической уверенностью заявить, что жизнь на Землю была занесена с Марса посредством панспермии (или наоборот).

🤖 Кремниевая жизнь и границы безопасности 1:10:27

Анализируя альтернативные варианты биохимии на основе других элементов периодической таблицы, Димер скептически относится к идее кремниевой жизни. Кремний присутствует в земной биологии: например, полевой хвощ накапливает силикаты для жесткости стеблей, а микроскопические диатомовые водоросли строят изысканные ажурные стеклянные экзоскелеты.

Однако кремний выполняет лишь структурную функцию и полностью непригоден для метаболизма. Его химические связи слишком жесткие и прочные, их крайне тяжело разрушить или перестроить при умеренных температурах, а диоксид кремния (песок, стекло) практически нерастворим в воде. Углерод остается незаменимым благодаря своей уникальной способности формировать гибкие, прочные и легко трансформируемые связи с O, N, P, S и H.

В финале дискуссии Димер комментирует успехи своего коллеги, нобелевского лауреата Джека Шостака (Jack Szostak), который перешел в Чикагский университет для создания полноценной синтетической жизни в лаборатории. Димер уважает этот высокотехнологичный подход, но отмечает разницу в их научных философиях: Шостак строит идеальный искусственный организм в стерильной пробирке, тогда как сам Димер пытается разгадать, как грязная, хаотичная природа вулканов смогла сделать то же самое четыре миллиарда лет назад.

По мнению Димера, создание искусственных живых систем в лаборатории не несет в себе научно-фантастических угроз катастрофы. Любая синтезированная человеком протоклетка на первых этапах будет настолько хрупкой, слабой и несовершенной, что при малейшем контакте с окружающей средой мгновенно превратится в питательный бульон для вездесущих и высокоэволюционировавших диких земных микробов.

💬 Цитаты

«Вся жизнь на Земле существует в кинетической ловушке. Это означает, что мы синтезируем наши сложные полимеры быстрее, чем они успевают разрушаться под воздействием гидролиза»

Дэвид Димер 25:03

«Мы не думаем, что жизнь изобрела нуклеиновые кислоты. Мы считаем, что жизнь открыла предсуществующие нуклеиновые кислоты»

Дэвид Димер 33:02
👥 Спикеры
📚 Упомянутые книги
🔗 Упомянутые сайты и проекты
📖 Термины
Абиогенез
Процесс возникновения живой материи из неживой природы посредством естественных химических реакций.
Гомохиральность
Свойство биологических систем состоять из пространственно однородных зеркальных изомеров молекул (только левые аминокислоты, только правые сахара).
Кинетическая ловушка
Состояние системы, при котором скорость созидания сложных структур превышает скорость их термодинамического распада.
Полианионы
Крупные полимерные молекулы, несущие множественные отрицательные электрические заряды на своих звеньях (например, ДНК и РНК).
Протоклетка
Гипотетический примитивный предшественник живой клетки, состоящий из простейшей липидной оболочки и короткого информационного полимера.
📊 Цифры
⚖️ Другая сторона
Биология и медицина Дэвид Димер абиогенез протоклетки гомохиральность нанопоровая технология